Відповідно до Статуту, Вищим органом управління ГС «Всеукраїнське об'єднання «Захищена Медицина» є Загальні збори членів.
Президія є виконавчим органом Спілки.
Очолює Президію Президент, який і здійснює поточне керівництво виконавчим органом Спілки.
До складу Президії також входять Перший Віце-президент та Віце-президенти за напрямками діяльності (з організаційних, фінансових, юридичних та інших питань).
При Спілці також створюється Наглядова рада, а також Комітети.
На постійній основі створюються та здійснюють діяльність такі Комітети: